Avgifter som betalas in kommer från kärnkraftbolagen och andra avgiftsskyldiga tillståndshavare. Avgifterna beräknas i förhållande till den energi som levereras. Sedan år 2008 kan avgiften också bestämmas som ett belopp i kronor, t.ex. för en avgiftsskyldig som inte längre levererar kärnkraftsenergi. Det är regeringen som årligen beslutar hur stor avgiften ska vara efter förslag från Riksgälden.
Kärnavfallsfonden sköter också utbetalningar från fonden. Det är Riksgälden som prövar och beslutar hur fonderade medel får användas.
Kärnavfallsfonden, c/o Kammarkollegiet, Box 2218, 103 15 Stockholm, Tel: 08-700 08 00, E-post: karnavfallsfonden@kammarkollegiet.se