Kärnavfallsfonden har bl.a. till uppgift att ta emot avgiftsmedel från dem som är avgiftsskyldiga och att göra utbetalningar i enlighet med Strålskyddsmyndighetens beslut.
Avgifter som betalas in kommer från kärnkraftbolagen och andra avgiftsskyldiga tillståndshavare. Avgifterna beräknas i förhållande till den energi som levereras. Sedan år 2001 kan avgiften också bestämmas som ett belopp i kronor, t.ex. för en avgiftsskyldig som inte längre leverar kärnkraftsenergi. Det är regeringen som årligen beslutar hur stor avgiften ska vara efter förslag från Strålsäkerhetsmyndigheten. Kärnavfallsfonden sköter också utbetalningar från fonden. Det är Strålsäkerhetsmyndigheten som prövar och beslutar hur fonderade medel får användas.